Koh ve ark.
8, RAPD yöntemiyle alınan sonuçların kullanılan primere göre çok çeşitli olacağını bildirmişlerdir. Bazı primerlerin, genomda farklılıkların bulunduğu bölgeleri çoğaltamamasından dolayı, biri birine yakın türler arasında aynı RAPD profillerini verebileceği, bazı primerlerin ise genoma uygunluk gösterememesinden dolayı RAPD profili oluşturmayacağını belirtmişlerdir. Bazı araştırmacılar da
7,12,15, primerde bulunan bir bazın değiştirilmesinin, hedef DNA'da farklı bölgelerin çoğaltılmasına, dolayısıyla çok farklı bir RAPD profili elde edilmesine neden olacağını bildirmişlerdir. Yaptığımız bu çalışmada da, kullanılan her primer için farklı bir RAPD profili elde edildiği, bazı primerlerin tür ayrımı için yetersiz kaldığı, bazılarının ise tür ayrımı için uygun olmadığı görüldü.
RAPD yönteminde elde edilen RAPD profillerinin, PZR mixinde bulunan MgCl2 miktarı ve hedef DNA konsantrasyonundan, primer bağlanma sıcaklığından, primerdeki baz sayısından ve dizilişlerinden etkilendiği bildirilmiştir 7. Yaptığımız bu çalışmada da, aynı kanatlının aynı kas dokusundan DNA ekstrakte edilmesine, aynı marka ve aynı konsantrasyonda agaroz jel ve PZR mixi, aynı miktarda hedef DNA ve primer ile aynı PZR prosedürü kullanılmasına rağmen, tekrarlar esnasında RAPD profilleri arasında küçük değişiklikler gözlendi (bir tekrarda bazı bantlar çok belirgin iken, diğer tekrarda az belirgin olması gibi). Bu gibi durumlarda ekstrakte edilen DNA bir miktar daha steril distile suyla sulandırıldığında (100 ml yerine 300 µl), RAPD profilleri arasında gözlenen farklılığın ortadan kalktığı görüldü. Bu gibi problemlerle karşılaşılmasının sebebi, ekstraksiyon esnasında hedef DNA'nın yeterince saf olarak elde edilememesine veya çok yoğun elde edilmesine bağlanabilir.
RAPD yönteminin başlıca avantajları, spesifik PZR ve RFLP yöntemlerindeki gibi her hayvan için türe spesifik primerin kullanılmasına ve her hayvan türü için ayrı bir PZR işlemine gerek duyulmamasıdır 7-8. Ayrıca türlerin DNA dizilişlerinin bilinmesine de gerek yoktur 12. Bu avantajlar sayesinde RAPD yöntemiyle et türlerinin tespiti daha kısa sürede ve daha ucuz olarak yapılmaktadır 16-17. Dezavantajları olarak, farklı primerler ile farklı sonuçlar alınması 8 ve aynı tür içerisinde, tekrarlar arasında küçük varyasyonlar çıkabilmesi dolayısıyla, kullanılan hedef DNA miktarının ve RAPD yönteminin tam olarak standardize edilmesi gerektiği vurgulanabilir. Aksi takdirde, laboratuarlar arasında alınan sonuçlar tartışılabilir. Ayrıca, RAPD metodu karışım halindeki farklı tür hayvan etlerinin orijinlerinin saptanmasında kullanışlı olmayabilir 14.
Sonuç olarak, kanatlı hayvan etlerinin tür tespitinde, GC oranı %70 olan primerler GC oranı %50, %60 ve %80 olan primerlerden daha iyi sonuçlar verdi. Fakat, daha fazla sayıda primerin denenerek en uygun primer/ primerlerin tespit edilmesi yerinde olacaktır.
Özetle, tür tespitinde kullanılan diğer metotlarla karşılaştırıldığında, RAPD yöntemiyle kanatlı etlerinde tür tayini daha kolay, daha ucuz ve hızlı olabilir. Fakat, tam olarak standardize edilmediği takdirde, yukarıda bahsedilen dezavantajlarından dolayı her zaman güvenilir bir metot olmayabilir.