Örneklerin toplanması: Elazığ’daki 1. sınıf mezbaha ruhsatına sahip, günlük kesim miktarı 40-80 sığır arasında değişen bir mezbahaya haftada bir kez gidilerek soğutma odasından, +4ºC’de 20-24 saat ön soğutmaya tabi tutulmuş sığır karkaslarının yaklaşık %20’si rastgele seçilerek örneklendi. Seçilen her bir yarım sığır karkasının but, kavram ve döş bölgesinden 10x10 cm (100cm
2) ebadında, toplam 300 cm
2’lik yüzeysel karkas kısımları steril bir bistürü ve şablon yardımıyla alınarak steril stomacher poşetlerine konuldu
6 ve poşetler soğuk zincirde laboratuara getirilerek 1 saat içerisinde analize alındı. Mezbahadan örnekler aynı şekilde 6 hafta boyunca toplandı.
Mikrobiyolojik analizler: Örneklere 100 ml %0.1’lik steril pepton water ilave edilerek 3 dakika süreyle stomacherde homojenizasyon işlemi yapıldı. Homejenizasyondan sonra desimal seyreltileri hazırlandı.
Toplam aerobik mezofil bakteri sayımı: Plate Count Agar (Oxoid CM 85) besi yeri kullanılarak dökme plak yöntemiyle çift seri plak kullanarak yapıldı. 37 ± 1ºC 'de 2 gün inkübe edildi 11.
Escherichia coli tip I’ in sayımı: Bu amaçla standart En Muhtemel Sayı (EMS) tekniği kullanıldı. Kısaca, Laktoz broth besiyeri ve durham tüpcüğü içeren deney tüplerine 3 seri olacak şekilde -1, -2 ve -3’lük seyreltileri hazırlanmış numunelerden 1’er ml inokule edildi. İnokulasyonu takiben tüpler 37ºC’de 24 saat inkübasyona bırakıldı. İnkübasyon sonunda gaz oluşumu (+) olan tüplerden öze ile kültürler alınarak IMViC testleri için gerekli besiyerlerine (trypton buyyon, glikoz fosfat buyyon, Simmon’s Citrate agar) ve 44.5ºC’de 24 saat inkübe edilmek üzere durham tüpcüğü içeren Brilliant Green Bile (BGB) broth (Oxoid) tüplerine geçildi. IMViC test sonuçları (+ + - -) olan ve 44. 5ºC’de gaz oluşumu (+) olan tüpler E. coli tip I kabul edilerek EMS indeksleri oluşturuldu ve uygun EMS tablosu kullanılarak EMS değerleri belirlendi 11.
Salmonella izolasyonu: Toplam aerobik mezofil bakteri ve E. coli tip I bakterilerinin analizleri için örnekler alındıktan sonra kalan homojenat, 37 ± 1 ºC'de 1 gün inkübe edildi. İnkübasyonu takiben örneklerinin her birinden 0.1 ml Rappaport-Vassiliadis broth’a ve 0.5 ml Tetrathionate broth’a inoküle edildi ve tüpler 42 ± 1 ºC’de ortalama 20 saat inkübasyona bırakıldı. Süre sonunda brothlardan Xylose-Lysine-Desoxycholate (XLD) agara (Acumedia) öze ile çizimler yapıldı ve plaklar 37 ± 1 ºC 'de 24 saat inkübe edildi. İnkubasyon sonunda merkezi ya da tamamı siyah renkteki karakteristik Salmonella morfolojisine sahip koloniler alınarak API 20E (Biomeriux) test kiti ile identifikasyonları yapıldı 12.
Toplam aerobik mezofil bakteri ve E. coli tip I sayıları aşağıdaki formüller kullanılarak kob/cm2 ye çevrildi.
Log10kob/cm2 = log10((kob/ml x 100)/300))
EMS kob/cm2 = (EMS kob/ml x 100)/300
Microsoft Excel® programı kullanılarak bakteri sayılarının haftalık ve genel ortalamaları ve standart sapma değerleri hesaplandı.