Echinococcus granulosus sensu lato (s.l.), kistik ekinokokozise (KE) neden olan, yaşam döngüleri ve konak seçimleri açısından farklılıklar gösteren ve dünya çapında öneme sahip zoonotik bir tür kompleksidir
1. Echinococcus granulosus’un erişkinleri köpek, kurt, çakal gibi evcil ve yabani karnivorların ince bağırsaklarına yerleşirken, larvası olan hidatik kist ise koyun, keçi, sığır, domuz, insan ve diğer birçok evcil ve yabani memelilerin başta karaciğer ve akciğer olmak üzere çeşitli organ ve dokularına yerleşmektedir
2. Bu tür kompleksindeki varyantlar mitokondriyal DNA (mt-DNA) analizine dayalı genotiplendirme çalışmaları ile E. granulosus sensu stricto (s.s.) (G1 ve G3), Echinococcus equinus (G4), Echinococcus ortleppi (G5), Echinococcus canadensis (G6/G7 ve G8/G10), E. felidis olarak sınıflandırılmıştır
3. Echinococcus spp. cinsindeki parazitler, hermafrodit olup erişkin parazitler hem çapraz hem self-fertilizasyonla çoğalırken, larval dönemde protoskolekslerin eşeysiz olarak çoğaldığı bir döngüye sahiptirler. Erişkinlerin kendi kendine döllenmesi Echinococcus spp. popülasyonlarındaki genetik polimorfizme neden olmuş ve türleşmenin yolunu açmıştır
4,5. Echinococcus spp. içerisindeki genetik varyasyon, farklı konakçı grupları veya türler için enfektivitedeki farklılıkları yansıtabilir; bu nedenle popülasyon yapısını genetik olarak karakterize etmek büyük önem taşımaktadır
6.
Mt-DNA’nın, haploid olması, hızlı evrimleşmesi, çoklu kopya sayısı ve maternal olarak aktarılmasından dolayı popülasyon çalışmalarında faydalı genetik belirteçler sağlamaktadır. Aynı zamanda yakın akraba türler arasındaki filogenetik ilişkileri yeniden yapılandırmada ve büyük veri setleri ile taksonomideki sorunlu konuların çözümünde nükleer DNA'dan daha etkili olduğu bilinmektedir5,7,8. Eccinococcus cinsinin tartışmalı taksonomisi araştırılırken, tam mitokondriyal genomlardan elde edilen nükleotid ve amino asit dizilerinin birleştirilmiş veri setleri analiz edilmiş ve Echinococcus spp.’nin kökeni çıkarılmıştır5. Güncel çalışmalarda ise E. granulosus’un mt-DNA'sındaki genetik değişkenliğin daha önce belirlenenin aksine daha yüksek olduğu bildirilmiştir9,10.
Echinococcus granulosus'un moleküler tanımlanması için birçok mt-DNA belirteci kullanılmıştır. cox1, cox2, nad1, nad3, nad5, 12S rRNA ve rrnS, rrnL (ribozomal RNA'nın daha büyük alt birimi) ve cytochrom b (cytb) geninin kısa gen bölgeleri gibi mt-DNA belirteçleri kullanılarak Echinococcus spp.’nin genetik çeşitliliği ve popülasyon yapısı değerlendirilmiştir11-17. Daha önceden yapılan çalışmalar cox1 geninin E. granulosus'un tür içi düzeydeki genetik çeşitliliğini araştırmak açısından en uygun aday olduğunu belirtmiştir18,19. Ancak uzun yıllar süren araştırmalardan sonra, cox1 gen dizisinin (1609 bp) G1 veya G3 genotiplerinin ayrımında yetersiz olduğu belirtilmiştir17. Yapılan genotiplendirme çalışmalarına mümkün olduğunca çok sayıda ayrım gücü olan konumun dahil edilmesi önerilmiş ve nad5 gen bölgesinden sonra cytb gen bölgesinin 3 tanısal bilgilendirici alana sahip olmasından dolayı genotip ayrımında umut verici belirteç olduğu ifade edilmiştir17.
Bu çalışmada, National Center for Biotechnology Information (NCBI) veri tabanında yayınlanmış E. granulosus s.s. cytb gen sekansları kullanılarak mitokondriyal değişkenliğin ve popülasyonların genetik yapısının incelenmesi ve cytb geninin E. granulosus s.s.’nun tür içi genetik çeşitliliğinin belirlenmesindeki uygunluğunun araştırılması amaçlanmıştır.